荒海水下机关解谜的关键在于合理运用雷元素机制与环境互动。首先需要找到荒海中间大树旁的三根雷柱，通过雷元素攻击调整所有图标朝向同一面即可解开初始机关。这一步骤要求玩家准确识别雷柱位置并掌握元素反应的基本原理，建议携带雷元素角色如雷电将军或菲谢尔以提高效率。解开雷柱后，跳入中间圆柱可进入地下区域，需注意水位变化对探索路径的影响。
进入地下后，神樱大祓任务的机关顺序是解谜核心。按照前1、左3、左上2、右3、右上2的固定顺序激活机关，该步骤需要精确记忆操作序列，任何顺序错误都会导致机关重置。部分机关被屏障保护，需提前获取雷种子才能穿透结界。建议在操作前清理周边敌人，避免战斗干扰解谜节奏。若机关复位，需退出区域重新加载刷新初始状态。
完成仙灵引导任务后，需将两个仙灵分别归位于大门两侧的柱子和高台，仙灵移动路径存在视觉盲区，需多角度调整视角观察。大门开启后，通过水潭游至五个雷方块机关处，按照从右往左编号1-5的标记，在初始状态下依照12541542的顺序激活，水位会完全下降。该环节需注意角色体力管理，建议提前装备减少游泳体力消耗的食物或角色技能。
最终阶段涉及雷种子等级与隐藏收集。荒海底部的雷神瞳获取需要至少6级雷种子等级，若等级不足需先完成稻妻地区的雷之印供奉。解密过程中出现的石板是刃连岛任务关键道具，建议同步拾取以避免重复探索。全部机关解除后会出现新的世界任务向花散里复命，该任务链将引导玩家返回钿田村井下继续剧情，完成终章后可解锁荒海区域全部功能。
